1. При запуске Windows Explorer открывается папка My Documents. Как сделать так, чтобы открывался корневой каталог системного диска?

В Propreties shortcut'а на Explorer меняем target %SystemRoot%explorer.exe на %SystemRoot%explorer.scf. После этого, открываться будет не My Documents, а корневой каталог системного диска. Кроме этого, можно запускать Explorer комбинацией клавиш Win E, в этом случае он откроется в разделе My Computer. Кроме этого, можно в свойствах ярлыка для Explorer прописать в Target:

%SystemRoot%\explorer.exe /e,c:\ (вместо c:\ можно указать любой другой путь).

После этого открываться будет не My Documents, а корневой каталог диска С или указанная директория. Более подробно почитать про использование этого и других ключей в командной строке при запуске Windows NT Explorer можно здесь: http://support.microsoft.com/support/kb/articles/Q152/4/57.asp